建立明朝后，他开始思考怎样将这个国家治理得井井有条。刘伯温进言：“宋元以来，宽纵日久，当使纪纲整肃，然后才能实施新政。”朱元璋听后十分赞同，认为以前的政策太宽松，新王朝应该实行严刑峻法。
朱元璋出身农民，痛恨贪官污吏，认为农民最苦，而官员即使薪水低微，也大大好过农民。因此《大明律》对贪腐的官员，处罚十分严酷：官员若贪污赃银六十两以上，将被处枭首示众、剥皮实草之刑。这是史上对官员贪腐处罚最重的法律。
他在位期间，查起贪污案来，如同雷霆霹雳。户部侍郎郭桓，被官员告发贪污舞弊，吞盗官粮，朱元璋命令司法部门依法严加追查。结果查出一批官员贪污盗窃的钱，折成粮食达二千四百多万石。朱元璋下令处死涉案的官员。此案牵连几万人，近万人被杀，逮捕入狱者不计其数。
出于对官员的不信任，朱元璋设立了锦衣卫，这个机构直接向朱元璋汇报，并且有自己的法庭和监狱，平时监视大臣、百姓的言行。锦衣卫实际上是专为皇帝服务的特务机构。
朱元璋在位的三十一年间，特务多如牛毛，遍布街巷路途，严密监视着朝野内外、文武官员的活动。
吏部尚书吴琳已告老还乡，但朱元璋对他仍不放心，便派特务到吴琳家乡侦察他的活动。特务来到一处稻田，只见一位农民模样的老人从小凳上站起来，便上前问道：“这里有个吴尚书吗？”老人回答：“敝人便是。”朱元璋听了特务的这一报告才对吴琳放了心。(www.zuozong.com)
国子监祭酒宋讷有一天在家暗生闷气，监视他的特务竟把他当时的样子画了下来上报皇上。朱元璋见了宋讷问道：“昨天你在家生什么闷气呀？”宋讷照实做了回答。他吃惊地问朱元璋如何知道此事。朱元璋将画像递给他，他展图一看，方才醒悟，慌忙磕头谢罪。
还有位大臣一日无事，在家与妻妾玩麻将，无意中丢了一张“二万”，怎么找也找不着。第二天上朝，朱元璋问这个大臣昨天在家干什么，该大臣如实说是在家与妻妾玩牌。朱元璋听后说：“你没有欺骗朕。”说完，从袖中摸出一张“二万” 扔给了他。
朱元璋将画像递给他，他展图一看，方才醒悟，慌忙磕头谢罪。
大学士宋濂一次在家设宴招待客人，第二天朱元璋问他：“昨天请客，喝酒了吗？做的什么菜？”宋濂如实做了回答。朱元璋笑道：“说得对，没骗我。”宋濂吓得出了一身冷汗。
明太祖对待官员极其严酷，如果大臣上朝的时候惹他发了火，就在朝堂上被按在地上打板子，叫作“廷杖”，也有被当场打死的。这种做法弄得大臣们个个提心吊胆，每天上朝的时候，都愁眉苦脸地向家里亲人告别。如果这一天平安无事回到家里，亲人就庆幸他又活了一天。
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