王忠孝的“反清复明”志向与明郑政权的领袖人物郑成功追求的目标高度一致，于是他很快成为郑成功的高参，郑成功多次要委以高官厚爵，王忠孝谢绝了郑成功的好意。笔者认为，这是因为：第一，王忠孝已疲惫于宦海之相互倾轧凶险，再无意官宦生涯，乐以飘逸之身进退自如不受羁绊。第二，他对郑成功的较强傲气和偏执性格有清楚的了解，作为幕宾的身份来提意见和建议，要比作为部属的身份方便得多，也容易为郑成功所接受。这是王忠孝的高风亮节和察人的过人之处，也是对“反清复明”大业能起最好作用的明智选择。我们从后来郑成功把他引为知己和几乎言听计从可以看出王忠孝的这一高明之处和高尚情操——只求有为于“反清复明”大业，不求有位于明郑官场，充分反映其淡泊名利，默默奉献的品格。于是，作为幕宾的王忠孝就经常无所顾忌地与郑成功畅谈天下大势、斗争形势。许多想法与思路为郑成功所欣赏，所接受，而且经常是彻夜长谈而不倦，是明郑政权中为数不多敢于直接向郑成功提不同意见和不同看法的幕宾，郑成功也时常向王忠孝征询军国大计。这在连横《台湾通史》列传“王忠孝”就有所反映：“延平郡王在厦门设储贤馆，礼待避乱缙绅。忠孝往见，欲官之，辞，乃待以宾礼。忠孝与辜朝荐、沈佺期、卢若腾等均为幕上客，军国大事，（延平郡王）时询问焉。”
王忠孝这样处理与郑成功的关系是非常成功的，在无所不谈之中，两人情谊与日俱增，遂成知己，闲暇之时经常饮茶对弈。今尚存一幅郑成功与王忠孝对弈图，图上还有王忠孝亲笔题写的“百字赞”：
俨乎其神，若有思；蔼乎其容，若可即。盖其气吞湖海，胸藏甲兵。自为秀才，便以天下为己责，而况遭时艰危，能不奋然一击！睹公雄姿，直欲一蹴而抵黄龙府，又何有于半壁，无忘以淝水之捷，足快人心，偶托赌墅以自适。公之胜算，早在局中，是岂寻常所能测识！[3]
这一“百字赞”对郑成功的姿容、风度、人格、才识，以至以天下为己任的英雄气概，运筹帷幄的王者风范，全面推祟备至。
顺治十七年（1660年），郑成功东征台湾。王忠孝精通易经，精于占卜，又因生长于海边，对海上风浪潮汛尤为熟悉，大军的行止，郑成功悉听王忠孝指点筹划，包括东征台湾具体时间的选定。东征台湾出发之日，王忠孝、沈佺期等还专门为郑成功“郊饯东征”，预祝旗开得胜。此后二年，受郑成功之托，王忠孝悉心辅佐郑成功世子郑经经营金厦，调度诸岛，鞠躬尽瘁。郑成功去世后，王忠孝又入台辅佐郑经，帮助郑经谋划开发建设台湾的蓝图，为台湾各项事业的发展做出贡献。
2.帮助郑成功整肃军风，争取民心
深受儒家忠君爱民思想熏陶的王忠孝，深知得民心的重要性，他在这方面的所言所行，对郑成功建立一支纪律严明的军队影响很大。毋庸讳言，郑成功在率兵反清之际，首先要解决的是数万军队的军饷困难问题，清廷的封禁更加剧了解决这一问题的难度，为了生存和有必备的体力对抗清军，采取武力征饷或默许部属掳掠之事是经常发生的，这也是最初郑氏与施琅的分歧所在。王忠孝在这一问题上是赞成施琅的观点，但他不像施琅生硬地反对，而是委婉地提出了自己的意见，他在11封《与国姓书》以及与郑成功的重要将领甘辉等的信函中力谏以民为重。他说：
沿海生灵，皆外府专官抚辑，岁定额赋，宁轻勿重。输纳有理，是亦今日切务也。(www.zuozong.com)
濒海居民，有前梗而今欲顺者，不妨先示诫谕，使知悔输。顽不能驯，锄之未晚，勿遽勤台旅也。[4]
大抵得城之后，不能不计饷糈，而亦以平定宽大为先。额数太多，则民力不堪，唯取图籍打算，自有设处之法，勿太扰耳！郡中生灵，万祈慈航。[5]
由于王忠孝为朝廷的耿耿忠心世所称道，又因为他提意见的态度温和，方式委婉，因此这些谏言和建议，大都能为郑成功及其部将所接受。之后，郑成功的军队在军事行动中，屡屡申令禁止掳掠烧杀，扰民之事虽然未能完全绝迹，但军风纪律大为好转。所以，后来郑成功在长期抗清斗争和收复台湾的过程中，均能得到民众的大力支持。
3.积极推荐人才为明郑治理台湾效力
在这方面，最为突出的是推荐同安教谕陈鼎之子陈永华。后来陈永华在开发和建设台湾中果然建立了不朽功勋。
陈永华（1634—1680），字复甫，父陈鼎，漳州角美石美村人，父子都在漳州读书长大，都在漳州获得秀才和举人的名分（陈鼎于天启七年即1627年中举人），癸未（明崇祯十六年，1643年）郑成功攻陷同安等地，陈鼎被任命为同安教谕，陈永华随父母一同前往同安居住，4年后（顺治四年，1647年）同安被清军复克，父亲忠贞自缢明伦堂，20岁的陈永华化装成埋尸和尚，与母亲一起把父亲的遗体背出同安城安葬，并投奔郑成功。“兵部侍郎王忠孝与（陈永华）谈时事，觉其大有经济之才，遂推荐陈永华于郑成功，”并告诉郑成功说“（陈永华）是同安殉难陈鼎子”。郑成功“与谈时事，终日不倦”，见陈永华谈吐不俗，胸有韬略，郑成功非常高兴，称“复甫今之卧龙也”，即“授参军，待以宾礼”，并让其为儿子郑经陪读。告诉郑经说：“陈先生当世名士，吾遣以佐汝，汝其师事之。”[6]陈永华曾力排众议，支持郑成功东征驱荷复台。清顺治十八年（南明永历十五年，1661年），郑成功渡海东征台湾，在台湾建立明郑政权。王忠孝等人辅助世子郑经守厦门，调度各岛。
郑成功逝世之后，陈永华随郑经入台继位，被任命为“东宁总制使”，他竭尽全力辅佐郑经，治理台湾，颁布屯田制，鼓励垦荒，倡修水利，使军饷民食得以解决；他请来家乡的晒盐师傅修建盐埕，使晒盐技术在台湾广为传播；他教民插蔗煮糖，上裕财库下惠民生；他教匠取土烧瓦，改变了入台垦民草棚茅舍的简陋住宿条件；他鼓励发展东西洋贸易，解决台湾军用民需物资奇缺的问题；他在府城筑围栅，建衙署，禁淫赌，实施家乡的保甲行政管理制度；他注重文化教育事业，兴建台湾第一座孔庙，创办第一所府学，首次把大陆的科举制度推入台湾，培养大量知识人才，因而被誉为“台湾文化教育的奠基人”。
在陈永华的精心治理下，台湾大治，社会安定，百业俱兴，市井繁荣，逐步赶上大陆发展水平，因此台湾同胞说：郑成功开台，陈永华治台。陈永华去世后，与夫人洪淑贞（字端舍，同安人）合葬于天兴州赤山堡大潭山（今台南县柳营乡后果毅村古潭），后来康熙帝特敕与郑成功一起回葬故里。台胞怀念其恩泽，人们把他开荒屯田的地方称之为“永华村”（在今台南县北门乡），把他从南安凤山寺恭迎广泽尊王香火来台南所建的庙宇改名为“永华宫”，并塑其像于该庙后殿三楼配祀。
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