道德沦丧和生存意志的完全崩溃，在摧毁美洲印第安社会的过程中，无疑扮演了重要角色。有关印第安新生儿因得不到应有的照顾而白白送命，以及印第安人公开自杀的无数记载，都见证了美洲印第安人难以名状的迷茫和绝望。欧洲人的军事行动和对大型工程中强征来的原住民劳工的残酷折磨，也加速了原有社会组织的销声匿迹。然而，无论征服者的暴力和漠视如何残忍，都不是导致美洲印第安人急剧减少的根本因素。毕竟，削减潜在的纳税人和印第安劳动力，并不符合西班牙人和其他欧洲人的自身利益。
印第安人第一次接触传染病是在1518年，当时天花被带至伊斯帕尼奥拉岛并开始攻击印第安人，其产生的伤害相当大以致拉斯·卡萨斯（Bartoleme deLas Casas）相信只有1000人幸存。之后天花从伊斯帕尼奥拉岛启程，又随着1520年援助科尔特斯的远征军到了墨西哥。结果，在征服的关键时刻（那时蒙特祖玛已被杀，阿兹特克人正准备对西班牙人发动进攻），天花开始肆虐特诺奇蒂特兰（Tenochtitlan）。组织进攻的首领与其众多的追随者，在迫使西班牙人退出该城后的几小时之内死去。结果，阿兹特克人非但没能像预期的那样对落荒而逃的西班牙军队乘胜追击，反而因天花的肆虐而无法采取有效行动，以致陷入了令人目瞪口呆的无能为力之中。科尔特斯因此能够集合军队，并从阿兹特克的属民当中聚拢同盟者后平安返回，发动最后的围攻，并最终摧毁了这个首都。
显然，如果没有天花，西班牙就不会在墨西哥取得胜利。皮萨罗对秘鲁的攻略也是如此。因为墨西哥的天花并没有滞留在阿兹特克的领土上，于1520年扩散到了危地马拉之后，又继续向南挺进，于1525年或1526年侵入印加帝国，其影响之强烈一如在阿兹特克。在位的印加国王在离开首都远征北方的途中死于天花，他指定的继承人也随后死去，没有留下法定继承人。内战接踵而来，正当印加帝国大厦将倾之时，皮萨罗和他的那帮无赖随从进入库斯科（Cuzco），并大肆掠夺财宝，而这帮强盗始终没有遇到真正的军事抵抗。
在此有两点值得强调。其一，西班牙人和印第安人出于对瘟疫的恐惧，全都相信瘟疫一定是神灵的惩罚。把瘟疫看作上帝愤怒的征兆，这既是西班牙人所继承遗产的一部分，又在《旧约》和基督教传统中受到尊崇，西班牙传教士也竭力对那些迷茫的皈依者灌输同样的灾难解释。而美洲印第安人则由于缺少遭遇一连串致命传染病的相似经历，也认同了征服者的这一认识。他们自己的宗教信念承认，超人的力量无不显现在发怒的神的身上。于是，他们把这场史无先例的灾难自然归结为超自然的原因。(www.zuozong.com)
其二，面对无情蹂躏印第安人的可怕疫病，西班牙人却几乎置之度外——他们在儿时就遭遇过天花，大都获得了终身免疫力。既然双方都认同对瘟疫原因的超自然解释，结论自然是神灵凭借疫病表达对侵略者的偏爱。阿兹特克人的诸神和基督徒的上帝似乎达成共识，一起庇佑白人侵略者和他们的所作所为。上帝对白人——不管他们有无道德或是否虔诚——一味偏爱；而对印第安人却是毫不宽恕的严厉。其中留下的迷茫和悲哀，后来时常困扰着在西属美洲负责重建皈依者道德和宗教生活的基督教传教士们。
站在美洲印第安人的角度，迷茫中唯一能做的可能就是对西班牙征服者的屈从了，不管他们的人数如何之少，也不管他们的行为如何之残暴和卑劣。结果是西班牙人胜利了，原住民的权威崩溃、诸神让位。我们从随后的文献记载中可以看到，令基督教传教士踌躇满志的群体皈依的时机也随之成熟了。俯首听命于教士、总督、地主、矿主、税务官以及任何大嗓门的白人，则是另一个不可避免的后果。当神意和自然的律令都明确地反对原住民的传统和信仰时，抵制的理由又在哪里呢？若非如此，恐怕就很难解释清楚，为什么西班牙能以区区几百人的力量轻易征服并成功控制这片生活着成百万人口的广袤土地。
在天花登陆夺去大约占总人口1/3的生命之后，传染病的肆虐仍未趋于稳定。麻疹紧接着又步天花的后尘而来，在1530—1531年在墨西哥和秘鲁蔓延，疫病一路遭遇的都是密集得足以维系传染链不致中断的新人群，频繁的死亡便不难预料。15年后的1546年，另一种性质不清的传染病又接踵而至，有人猜测它是斑疹伤寒。［14］斑疹伤寒在欧洲人中也许是新病；至少当它于1490年暴发于在西班牙战斗的军队中时，随队描述它的医生就这样认为，而正是这一描述使得对斑疹伤寒的精确分析第一次成为可能。［15］
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